Fakultet za islamske studije organizira i doktorske studije. Doktorske studije su samo kontinuitet u naučnom razvoju Fakulteta. Osnivanjem ovih studija muderisi i profesori mogu nastaviti svoje naučno uzdizanje i sticanje najviših zvanja u islamskim naukama. Doktorske studije na Fakultetu za islamske studije traju tri godine. Doktorske studije se organiziraju na bosanskom, arapskom i engleskom jeziku.

Osnovne, master i doktorske studije na Fakultetu za islamske studije u Novom Pazaru realizuju se se po usvojenom naučnom planu i programu koji je usvojilo Naučno-nastavno vijeće Fakulteta, a koje je odobrio Mešihat kao vrhovni organ Islamske zajednice u Srbiji.